Структура ЦДНИ УР включает в себя ниже перечисленные функциональные подразделения, несущие указанные функции и выполняющие соответствующие задачи.   
     
Главный хранитель фондов   
Отдел комплектования 
Отдел обеспечения сохранности документов
Отдел научно-справочного аппарата         
Отдел  информации и публикации документов

Главный хранитель фондов   

Функции:
- организация и ведение государственного учёта документов;
- представление сведений о составе и объёме фондов Центра для Центрального фондового каталога Росархива и фондового каталога Комитета по делам архивов при Правительстве УР;
- координация и контроль за работой по обеспечению сохранности документов;
- организация и координация работы по выявлению и описанию особо ценных документов, созданию страхового фонда и фонда пользования документов;
- организация преемственности системы учёта документов у фондообразователей и ЦДНИ УР;
- организация и выполнение работ по автоматизированным архивным технологиям.

 Отдел комплектования

Функции отдела:  
- разработка и ведение перечня фондообразователей;
- разработка нормативно-методических пособий, регламентирующих работу делопроизводственных служб юридических лиц;
- организация и проведение работ по комплектованию Центра документами;
- организация и ведение государственного учёта документов Архивного фонда, находящихся на хранении в общественных объединениях или у физических лиц;
- организация работы по проведению паспортизации указанных архивов;
- организация и проведение мероприятий по повышению уровня унификации делопроизводства фондообразователей на основе внедрения государственной системы;
- научная обработка документов, поступающих на государственное хранение от общественных объединений;
- организация и выполнение работ по автоматизированным архивным технологиям. 

Отдел обеспечения сохранности документов

Функции отдела:
- организация хранения и обеспечение сохранности документов;
- организация и ведение государственного учёта документов;
- организация и обеспечение условий и режимов работы архивохранилища;
- определение технической политики ЦДНИ в области хранения документов;
- создание страховых копий документов;
- ведение страхового фонда и фонда особо ценных документов;
- контроль за наличием и состоянием документов;
- техническая обработка документов;
- организация реставрационно-восстановительных и консервационно-профилактических работ;
- организация и выполнение работ по автоматизированным архивным технологиям.

Отдел научно-справочного аппарата

Функции отдела:
- разработка и ведение научно-справочного аппарата к документам архива, в том числе каталогов;
- проведение экспертизы ценности хранящихся документов;
- научная обработка фондов;
- организация и выполнение работ по автоматизированным архивным технологиям;
- участие в редакционно-издательской деятельности.

Отдел  информации и публикации документов

Функции отдела:
- обработка и выполнение запросов пользователей архива;
- создание и ведение перечня пользователей архива;
- оформление в установленном порядке и выдача информации по запросам пользователей архива;
- осуществление научных и творческих связей с пользователями документов;
- организация и проведение публичной работы с документами архива, в том числе выставок, лекций, экскурсий и т.д.;
- редакционно-издательская деятельность;
- организация и ведение работы читального зала ЦДНИ;
- организация и выполнение работ по автоматизированным архивным технологиям.